Este fondo documental actualmente registra 68 775 expedientes, incluye información de la Secretaría de Fomento (1891), de la Secretaría de Agricultura y Fomento (1917) y de la Secretaría de Recursos Hidráulicos (1947-1976); contiene solicitudes y concesiones de uso del agua, quejas, conflictos entre usuarios, relación entre conflictos agrarios e hidráulicos, solicitudes de exención de impuestos, declaratorias de aguas nacionales, informes de inspecciones de aprovechamientos, cuestiones tecnológicas, efectos de inundaciones y sequías, daños provocados por la Revolución y la guerra Cristera, reglamentaciones de ríos, testamentos, información sobre empresas, entre otros temas.

También se encuentran expedientes que dan cuenta del control hidráulico por parte de los Ayuntamientos. Asimismo, este fondo también resguarda una gran cantidad de material sobre presas y obras hidráulicas a pequeña escala. Otros documentos de importante valor histórico son las copias de testimonios, mercedes, posesiones, denuncias, composiciones, repartimientos y otros instrumentos legales del periodo colonial, los cuales permiten hacer un seguimiento de los conflictos generados por el uso del agua, desde el siglo XVI. Algunas de estas copias provienen de originales resguardados actualmente en el Archivo General de la Nación o en archivos estatales y municipales. También se localizan resúmenes elaborados en los siglos XIX y XX con base en la consulta de otros documentos virreinales. Asimismo, este acervo incluye un gran número de fotografías, planos, croquis y dibujos, que se conservan dentro de los expedientes.