A lo largo de su historia los Fondos documentales del Archivo Histórico del Agua se han incrementado hasta formar uno de los acervos más importantes de su tipo en el mundo.

En la actualidad el AHA cuenta con siete fondos documentales y una colección fotográfica:

• Aprovechamientos Superficiales (68,775 expedientes)
• Consultivo Técnico (11,832 expedientes)
• Comisión del Río Grijalva (13,700 expedientes)
• Infraestructura Hidráulica. (27,664 expedientes).
• Colección Fotográfica cuenta con 45,101 imágenes.
• Agua Nacionales cuenta con 70,000 expedientes, de los cuales 11,000 se encuentran catalogados y a disposición del público
• Comisión del Papaloapan cuenta con 40,000 expedientes, de los cuales 2,532 se encuentran catalogados y a disposición del público