Dichos fondos dan cuenta de la gestión federal en el manejo de los recursos hidráulicos en el país. La información del archivo procede de la Secretaría de Fomento porfirista y se continúa con la generada por la Secretaría de Agricultura y Fomento creada en 1917. No se encuentran registrados, como tales, los expedientes generados por la Comisión Nacional de Irrigación (CNI) fundada en 1926, cuyo recinto era, precisamente, el edificio de Balderas 94. Posiblemente, algunos documentos de la CNI se encuentren dispersos en el fondo de Aprovechamientos Superficiales.

En 1946 desaparecieron la SAyF y la CNI y en su lugar surgió la Secretaría de Recursos Hidráulicos (SRH), que dio origen a las Comisiones de Cuenca, como las del Papaloapan, Grijalva, Lerma-Santiago, entre otras. De ellas, el archivo cuenta con los expedientes de la Comisión del Río Grijalva. De forma independiente existía la Secretaría de Agricultura, Ganadería y Desarrollo Rural (SAGAR) que también realizaba algunas obras de irrigación, en especial de pequeña irrigación, aunque el Archivo no tiene sino documentación dispersa generada por esta dependencia.

En 1976, la SRH se fusionó con la de Agricultura, surgiendo así la Secretaría de Agricultura y Recursos Hidráulicos (SARH). En la fusión, que conllevó las dificultades propias del cometido propuesto, los documentos sobre los recursos hidráulicos del país se dispersaron. De tal manera que algunos expedientes de la extinta Secretaría de Recursos Hidráulicos deben estar resguardados por la SAGAR. El Archivo Histórico del Agua cuenta con información de la Subsecretaría de Infraestructura Hidráulica de la SARH. Puede pensarse que la Comisión Nacional del Agua tiene su antecedente en dicha Subsecretaría y, por tanto, es la responsable directa del acopio y resguardo de la documentación histórica que le ha sido legada. Finalmente en 1989 la Comisión Nacional del Agua.