El 1º de febrero de 1994 se firmó el primer convenio anual entre el CIESAS y la CNA para el proyecto de formación del Archivo Histórico del Agua, mismo que estaría ubicado en el edificio de Balderas 94, en el centro histórico de la ciudad de México.

De acuerdo con dicho convenio, el AHA fue creado con la finalidad de rescatar, organizar y difundir el patrimonio histórico documental de las dependencias que han tenido a su cargo, desde 1888, el manejo de las aguas de jurisdicción federal; entre sus propósitos esenciales está el de constituirse en un espacio para el estudio y la investigación original acerca de la historia de los aprovechamientos hidráulicos en México. Como parte de la estructura del archivo, se decidió crear una biblioteca de apoyo, especializada en estudios sobre el agua. De esta manera, el archivo fue visualizado como un espacio de información integral que pondría a disposición de los usuarios tanto fuentes primarias como estudios contemporáneos sobre historia y antropología del agua publicados en el país y en el extranjero.